Vanimad kirjalikud andmed Raplast pärinevad 1241.aasta Taani hindamisraamatust – "8 adramaa suurune Rapala küla".
13.sajandi lõpul sai Raplast kihelkonnakeskus. Samal ajavahemikul ehitati (ilmselt Padise kloostri tsistertslaste poolt) Konuvere jõe äärde vanale Hiie kohale Maarja-Magdaleenale pühitsetud kivikirik. Kirik kui asula keskpunkt põles Põhjasõjas müürideni maha ja renoveeriti uuel kujul 1738.
Rapla hoogsam kasv algas alles 19. sajandi lõpul, kui kirikukülla saabus rohkelt käsitöölisi, kaupmehi ja ametnike.
1866. aastal avati esimene apteek.
1868. aastal asutati külakool.
1888. aastal avati Rapla haigla.
1899 rajati tellisetehas.
1900 avati Rapla-Viljandi kitsarööpmeline raudteeliin. Rapla vana kivikirik lammutati.
1901. aastal valmis uus kahe torniga uusromaani stiilis Rapla kirik (projekti autor Rudolf von Engelhardt).
1913. aastal oli Raplas 20 kivi- ja 60 puumaja, elanikke ligi 1000. Aktiviseerus seltsielu – tegutses Vabatahtliku Tuletõrje Selts, Laulu- ja Muusikaselts, Põllumajandusühing, Vastastikune Tulekindlustusselts, Tarbijate Ühistu, Hoiukassa.
1931 avati Rapla-Virtsu kitsarööpmeline raudtee. See oli kasutusel kuni 1968; Raikkülani käisid rongid kuni 1971.
1945. aastal nimetati Rapla aleviks.
1950. aastal sai Raplast samanimelise rajooni keskus.
1993. aastal sai Rapla linnaõigused.
2002 liideti Rapla linn teda ümbritseva Rapla vallaga ning moodustustati uus ja suurem haldusüksus Rapla vald. Rapla linna senine lipp ja vapp kinnitati ka moodustatud uue haldusüksuse sümboolikaks.